Dwie rzeczy - 1) łączysz się ze swoją instancją PostgreSQL przy użyciu konfiguracji, którą Heroku zapewnia w środowisku. Po prostu użyj:
import os
SQL_ALCHEMY_DATABASE_URI = os.environ['DATABASE_URL']
Zmienna środowiskowa DATABASE_URL zostanie wypełniony przez Heroku i będzie zawierał informacje o połączeniu (host, nazwa użytkownika, hasło, baza danych).
2) System plików Heroku jest efemeryczny i nie jest zachowywany pomiędzy restartami hamowni. Dlatego Twój sqlite baza danych zniknie.
