SQL Server dodaje automatyczny klucz podstawowy do istniejącej tabeli

Nie – musisz to zrobić na odwrót:dodaj to od razu jako INT IDENTITY - zostanie wypełniony wartościami tożsamości, gdy to zrobisz:

ALTER TABLE dbo.YourTable
   ADD ID INT IDENTITY

a następnie możesz ustawić go jako klucz podstawowy:

ALTER TABLE dbo.YourTable
   ADD CONSTRAINT PK_YourTable
   PRIMARY KEY(ID)

lub jeśli wolisz zrobić wszystko w jednym kroku:

ALTER TABLE dbo.YourTable
   ADD ID INT IDENTITY
       CONSTRAINT PK_YourTable PRIMARY KEY CLUSTERED