Czy można usunąć z wielu tabel w tej samej instrukcji SQL?

Nie, musiałbyś uruchomić wiele instrukcji.

Ponieważ musisz usunąć z dwóch tabel, rozważ utworzenie tabeli tymczasowej z pasującymi identyfikatorami:

SELECT U.Id INTO #RecordsToDelete
FROM Users U
   JOIN LinkingTable J ON U.Id = J.U_Id
...

A następnie usuń z każdej tabeli:

DELETE FROM Users 
WHERE Id IN (SELECT Id FROM #RecordsToDelete)

DELETE FROM LinkingTable
WHERE Id IN (SELECT Id FROM #RecordsToDelete)