Spotkałem się dokładnie z tym samym zachowaniem:
Używam zarówno Oracle XE, jak i MS SQL Server Express na moim 64-bitowym komputerze z systemem Windows 7 - zaktualizowałem do wersji java 1.6.0_29 z wersji 1.6.0_27 (wersja x64) i byłem zaskoczony, widząc, że te same programy są w stanie połączyć się z Oracle XE, ale nie do MS SQL Server...
Prześledziłem problem do javax.sql.DataSource.getConnection()
gdzie wisiał na zawsze - bo to tylko interfejs, sterowniki jdbc wzbudziły moje podejrzenia...
Używam sterownika MS SQL Server JDBC 3.0.1301.202, a nawet zaktualizowałem do SQL Server CTP ("podgląd techniczny społeczności") 4.0.1722.1, ponieważ podejrzewałem, że musi coś zrobić ze sterownikiem jdbc - ale bez powodzenia :wciąż wisi!
Moim obejściem było obniżenie wersji do wersji 1.6.0_27 i -- bang:wszystko znów było w porządku!
pozdrawiam Erich