Entity Framework 6 GUID jako klucz podstawowy:nie można wstawić wartości NULL do kolumny „Id”, tabela „FileStore” kolumna nie zezwala na wartości null

Oprócz dodania tych atrybutów do kolumny Id:

[Key]
[DatabaseGenerated(DatabaseGeneratedOption.Identity)]
public Guid Id { get; set; }

podczas migracji powinieneś zmienić CreateTable aby dodać defaultValueSQL właściwość do Twojej kolumny, np.:

Id = c.Guid(nullable: false, identity: true, defaultValueSql: "newsequentialid()"),

Dzięki temu nie będziesz musiał ręcznie dotykać bazy danych, co, jak wspomniałeś w komentarzach, jest czymś, czego chcesz uniknąć dzięki Code First.