Miałem dokładnie ten sam problem. Jak zauważyłem, problem pojawił się po połączeniu plików .edmx z Subversion. Patrząc na plik .edmx w edytorze tekstu, znalazłem jeden zduplikowany wpis EntitySetMapping. Po ręcznym usunięciu duplikatu problem został rozwiązany! Mam nadzieję, że to pomoże