Jeśli wiele aplikacji próbuje tylko porównywać dane, to uważam, że nie zapisują one do tabeli, buforowanie rekordów również powinno pomóc. Istnieje również technika zwana shardingiem, której niestety serwer SQL nie zapewnia. Ale istnieje biblioteka na codeplex, która zapewnia taką funkcję dla SQL Server. Zasadniczo stara się zrównoważyć obciążenie baz danych.
Nie testowałem tego, ale warto spróbować. Jeśli chcesz, możesz to zobaczyć tutaj http://enzosqlshard.codeplex.com/