Rozwiązałem to, dodając poniższe wiersze w App.config:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
i to w Machine.config:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
Ponieważ ten proces trwa bardzo długo, ponad 10 minut, stwierdziłem, że muszę zastąpić tę wartość wyższą.