Kod nie wydaje się być poprawny... masz ...WHERE (SELECT...)
GDZIE co?
Czy na pewno nie jesteś po
SELECT MyCols FROM MyTable WHERE ID IN (...)
LUB
SELECT MyCols FROM MyTable WHERE ID NOT IN (...)
Gdzie (...)
reprezentuje inny wybór zwracający jakiś identyfikator.
W przeciwnym razie oczywiście dostaniesz limit czasu. Ten wybór może zwrócić liczbę i WHERE 1
może trwać i trwać i trwać...