To jest przypuszczenie, ale jeśli masz zduplikowane wartości dla FTE wartość wtedy nie ma gwarancji, w jakiej kolejności będą one wychodzić za każdym razem, gdy kod jest uruchamiany. SQL Server prawdopodobnie zmienia plan zapytań pomiędzy wykonaniem prostego SELECT i SELECT z WHERE kryteria, powodując inną kolejność i to, co widzisz.
Dodałbym PK na końcu twojego ORDER BY tylko po to, aby upewnić się, że zamówienie jest zawsze spójne.
