Otrzymałem jasną odpowiedź od firmy Microsoft tutaj http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/ssdt/thread/c66c2296-c94e-4f21-993e-7d3090a596a5
Visual Studio Express 2012 for Web nie obsługuje nowych narzędzi danych serwera SQL. Aby pracować z projektem bazy danych (konwertując ze starego dbproj lub tworząc nowy projekt od podstaw), musisz użyć Visual Studio 2010 Shell. Błędy, które otrzymałem z procedur przechowywanych, zostały spowodowane przez nieprawidłowe zaimportowanie skryptów sql. Stary dbproj miał skrypty sql w dowolnych folderach. Rozwiązaniem było wykluczenie wszystkich skryptów sql z projektu, który właśnie przekonwertowałem z dbproj, a następnie ponowne zaimportowanie skryptów sql. Gdy to zrobisz, projekt je rozpozna i nie zgłosi błędów.
