Możesz użyć zadania skryptu w pętli, aby przeprowadzić filtrowanie wyrażeń regularnych:http://microsoft-ssis.blogspot.com/2012/04/regex-filter-for-foreach-loop.html
Możesz też użyć (bezpłatnego) modułu wyliczającego innej firmy:http://microsoft-ssis.blogspot.com/2012/04/custom-ssis-component-foreach-file.html