Kiedy ftp plik faktycznie kopiuje go tam, gdzie oczekujesz, z poprawną nazwą? Możesz podać bezwzględną ścieżkę do pliku.
Mam tendencję do uruchamiania pakietu SSIS z wiersza poleceń, zanim spróbuję go uruchomić z aplikacji, co ułatwia debugowanie w ten sposób.