Zdarzyło mi się to w przypadku kilku długo działających skryptów, które generowały nowe indeksy. Zastosowanym obejściem było użycie:
update-database -Script
EF następnie wypluwa migrację SQL na ekran, a następnie możemy uruchomić SQL bezpośrednio z serwera, więc nie było problemów z przekroczeniem limitu czasu.