Pliki wymienione w Project Properties > Publish > Application Files jest automatycznie kompilowany przez program Visual Studio. Twoja aplikacja musi wymagać tych bibliotek DLL. Jeśli nie są jeszcze zarejestrowane na komputerze, ustaw je na excluded wygeneruje błąd, który opisujesz.
Powinieneś ustawić zestawy na Included lub jeśli powoduje to niedopuszczalne obciążenie dystrybucji, możesz przejść do Project Properties > Publish > Prerequisites i dodaj SQL Server 2012 Express LocalDB