Aktualizacja
Aby całkowicie usunąć debugowanie:
var io = require('socket.io').listen(app, { log: false });
Gdzie app
to serwer http node.js / express itp.
Zapomniałeś wspomnieć, że używasz także socket.io. To pochodzi z socket.io. Możesz wyłączyć to poprzez konfigurację:
io.set('log level', 1); // reduce logging