Mongoose zawsze zwraca pustą tablicę NodeJS

Wywołanie mongoose.model ustala nazwę kolekcji, do której jest powiązany model, przy czym domyślnie jest to nazwa modelu w liczbie mnogiej, pisana małymi literami. Więc z twoim kodem będzie to 'models' . Aby użyć modelu z files kolekcji, zmień tę linię na:

var Model = mongoose.model("Model", fileSchema, "files");

lub

var Model = mongoose.model("file", fileSchema);