Musisz zbudować swój $set
obiekt programowo:
var setModifier = { $set: {} };
setModifier.$set['directions.' + index + '.name'] = area.value;
Items.update(Session.get('selectedItem'), setModifier);
Aktualizacja
Jeśli Twoje środowisko JavaScript obsługuje obliczane nazwy właściwości (np. node.js 4+), możesz to zrobić w jednym kroku:
Items.update(Session.get('selectedItem'), { $set: {
['directions.' + index + '.name']: area.value
}});