Jeśli nie masz ochoty na iterację, spróbuj
FBFriendModel.find({ id:333 }).remove( callback );
lub
FBFriendModel.find({ id:333 }).remove().exec();
mongoose.model.find zwraca zapytanie, które ma remove funkcja.
Aktualizacja dla Mongoose v5.5.3 — remove() jest teraz przestarzały. Użyj deleteOne() , deleteMany() lub zamiast tego findOneAndDelete() instead.