$group
nie używa danych indeksowych.
Z dokumentacji mongoDB:
Operatory potoku $match i $sort mogą korzystać z indeksu, gdy występują na początku potoku.
Operator potoku $geoNear korzysta z indeksu geoprzestrzennego. Podczas używania $geoNear, operacja potoku $geoNear musi pojawić się jako pierwszy etap potoku agregacji.