MongoDB .NET nie generuje _id na upsert

I oczywiście odpowiedź znajduję od razu po zamieszczeniu pytania. Z tej odpowiedzi rozwiązaniem jest dodanie [BsonIgnoreIfDefault] atrybut do identyfikatora. W przykładzie z pytania byłoby to:

public class MongoObject
{
    [BsonId(IdGenerator = typeof(StringObjectIdGenerator))]
    [BsonRepresentation(BsonType.ObjectId)]
    [BsonIgnoreIfDefault]    // <--- this is what was missing
    public string MongoID { get; set; }

    public int Index { get; set; }
}