Poprzednie odpowiedzi nie działają w MongoDB 3.4+. Właściwym sposobem na zrobienie tego w wersji 3.4 i nowszych jest utworzenie BasicDBObject i użycie go jako parametru Database.runCommand(). Oto przykład.
final BasicDBObject command = new BasicDBObject();
command.put("eval", String.format("function() { %s return;}}, {entity_id : 1, value : 1, type : 1}).forEach(someFun); }", code));
Document result = database.runCommand(command);