Mongoose używa liczby mnogiej nazwy modelu, ponieważ uważa tę dobrą praktykę za „zbiór” rzeczy za nazwę w liczbie mnogiej. Oznacza to, że to, czego obecnie szukasz w kodzie, to zbiór o nazwie „użytkownicy”, a nie „użytkownik”, jak można by się spodziewać.
Możesz zmienić to domyślne zachowanie, określając konkretną nazwę kolekcji, którą chcesz umieścić w definicji modelu:
var userModel = mongoose.model('user', userSchema, 'user');
Trzeci argument to nazwa kolekcji, która ma być użyta, a nie to, co zostanie określone na podstawie nazwy modelu.