$nin z $expr

$nin jest operatorem zapytania, a nie operatorem agregacji, a także $expr obsługuje tylko aggregation operatory nie query te. Więc prawdopodobnie powinieneś użyć $not $in z $expr wyrażenie w ten sposób

{
  "$match": {
    "$and": [
      {
        "$or": [
          {
            "Multi_User": {
              "$exists": False
            }
          },
          {
            "$expr": {
              "$not": { "$in": ["$CreatedBy", "$Multi_User"] }
            }
          }
        ]
      }
    ]
  }
}