sprawdź z klauzuli, czy to nazwa Twojej kolekcji? Użyłem nazwy schematu zamiast nazwy kolekcji, co skutkuje pustym wynikiem.
{$lookup:
{
from: 'classes', //check this
localField: 'owner',//**String**
foreignField: '_id', //**ObjectId**
as: 'classes'
}
}