W większości przypadków prawdopodobnie nie chcesz tworzyć wielu kolekcji, ale zamiast tego użyj jednej kolekcji i wyślij jej widoki do klientów w zależności od ich subskrypcji.
Możesz zajrzeć do stworzonego przeze mnie pakietu https://github.com/mizzao/meteor-partitioner, który został zaprojektowany specjalnie do tego celu i zawiera przykład, jak to zrobić dla wielu pokojów rozmów. Możesz również zobaczyć https://github.com/mizzao/CrowdMapper dla zaimplementowanego przykładu.