Kiedy modyfikujesz zawartość Mixed pole takie jak freeform_data, musisz powiadomić Mongoose, że zmieniłeś jego wartość, wywołując markModified(path) na zmodyfikowanym dokumencie lub kolejnym save() połączenie go nie zapisze.
Na przykład:
user.freeform_data = { foo: 'bar' };
user.markModified('freeform_data');
user.save();