Ja też spotkałem się z tym problemem. Było to spowodowane aktualizacją mongodb bez wyłączania serwera mongo.
Teraz, gdy masz już nową wersję mongodb (powiedz z wersji powłoki mongo). Możesz to rozwiązać, po prostu ponownie uruchamiając mongod proces.
Aby uruchomić i zatrzymać proces mongo, zobacz https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/manage-mongodb-processes
