Tak, możesz uzyskać listę istniejących baz danych. Ze sterownika Java możesz zrobić coś takiego, aby uzyskać nazwy baz danych na mongod serwer działający na hoście lokalnym
Mongo mongo = new Mongo( "127.0.0.1", 27017 );
List<String> databaseNames = mongo.getDatabaseNames();
Jest to odpowiednik polecenia powłoki mongo "show dbs". Jestem pewien, że podobne metody istnieją we wszystkich sterownikach.