Właściwie już wcześniej odpowiedziałem na to bardzo podobne pytanie. Ograniczenia funkcji Map Reduce w MongoDB zostały omówione wcześniej - jak wspomniałeś, jest ona jednowątkowa, musi zostać przekonwertowana na Java Script (spidermonkey) i odwrotnie.
Dlatego istnieją inne opcje:
- Łącznik MongoDB Hadoop (oficjalnie obsługiwany)
- Struktura agregacji (wymaga wersji 2.1+)
W chwili pisania tego tekstu stabilne wydanie 2.2.0 nie było jeszcze dostępne, ale zależało od wersji RC2, więc wydanie powinno być nieuchronne. Polecam dać mu szansę jako bardziej znaczące porównanie dla tego typu testów.