Myślę, że findOneAndUpdate przeprowadza operację atomową, więc zakładam, że updateOne nie.
Dlaczego tak zakładasz?
findOneAndUpdate zwraca dokument, podczas gdy updateOne nie (po prostu zwraca _id jeśli utworzył nowy dokument).
Myślę, że to główna różnica. Tak więc przypadek użycia updateOne jest wtedy, gdy nie potrzebujesz dokumentu i chcesz zaoszczędzić trochę czasu i przepustowości.