Obiekt dokumentu mongoengine można zainicjować za pomocą **kwargs . Dzięki temu możemy zaimplementować from_json funkcjonalność w następujący sposób :-
obj_dict = {
'key1' : 'value1',
'key2' : 'value2'
}
user = User(**obj_dict) # User is a mongoengine document object
To zadziałało dla mnie.