Nie widziałem S3 FileField do użytku z MongoEngine - więc obecnie musiałbyś rzucić własną implementację - możesz użyć StringField do przechowywania lokalizacji lub możesz utworzyć własną proxy_class jak ImageField ale jest to dość związane z GridFs, ale w razie potrzeby z przyjemnością to wydzielę.
Jak zawsze prośby o ściągnięcie są mile widziane! https://github.com/MongoEngine/mongoengine