Najprostszym sposobem jest użycie blokad (zatwierdzanie dwufazowe), chociaż w niektórych przypadkach nie jest to zbyt wydajne. W przypadku wyższej współbieżności można zaimplementować pewien rodzaj MVCC na górze Mongo. Ten artykuł zawiera dobry opis:
http://highlyscalable.wordpress.com/2012/ 01/07/mvcc-transactions-key-value/