Może powiadom Mongooose, że zestaw danych zmienił się w ten sposób:
doc.markModified('pathToYourAttribute')
Z dokumentacji http://mongoosejs.com/docs/schematypes.html
person.anything = { x: [3, 4, { y: "changed" }] };
person.markModified('anything');
Mam nadzieję, że to pomoże!