Jeśli sortujesz malejąco i widzisz null wartości na końcu, byłoby to domyślne zachowanie tego rodzaju.
Naprawdę niewiele można zrobić, aby zmienić to zachowanie, ale obejściem, które zapewni oczekiwane wyniki, jest wykonanie dwóch zapytań zamiast jednego:
db.Collection.find( { a: null } );
db.Collection.find( { a: { $ne: null } } ).sort( { a: -1, b: 1 } );