W jaki sposób w Meteor.js dwa projekty programistyczne mają używać tej samej instancji Mongo?

Tak, możesz po prostu uruchomić meteor z MONGO_URL parametr taki jak:

$ MONGO_URL="mongodb://localhost:27017/myapp" meteor

lub

$ MONGO_URL="mongodb://localhost:27017/myapp" meteor --port 4000

Zakłada to, że masz zainstalowany mongodb w swoim systemie. Zobacz to pytanie aby dowiedzieć się, jak nieco ułatwić ten proces, używając zmiennych środowiskowych lub skryptu startowego.