Dlaczego nowe dokumenty w mongo mają obiekt, a nie ObjectId?

To jest czym jest ObjectID. Jest to po prostu obiekt, który zawiera te właściwości.

http://docs.mongodb.org/manual/reference/object-id/

{
    "_bsontype" : "ObjectID",
    "id" : "U\u0013[-Ф~\u001d$©t",
    "generationTime" : 1.43439e+09
}

U\u0013[-Ф~\u001d$©t to 12-znakowy binarny ciąg, który jest konwertowany na znany 24-znakowy ciąg szesnastkowy (55107edd8e21f20000fd79a6 ), gdy obiekt jako całość jest reprezentowany jako wartość tekstowa (tj. jego .toString funkcja jest wywoływana)

W Mongoose dokumenty mają również .id getter, który daje 24 znaki szesnastkowe jako wartość ciągu.