Jeśli dobrze zrozumiałem Twoje pytanie, potrzebujesz tych dokumentów, które mają te same wartości w polu 1 i polu 2.
Do tej próby
db.coll.find({$where: function() { return this.field1 == this.field2 } } );
lub bardziej kompaktowy
db.coll.find({ $where : "this.field1 == this.field2" } );