To dość specyficzne pytanie, ale jeśli ktoś natknie się na podobny problem, moim problemem było to, że napisałem plik ze wszystkimi moimi dokumentami jako json, aby użyć mongoimport na zdalnym serwerze.
Problem polegał na tym, że JSON.stringify() konwertuje objectId na ciąg. Aby to naprawić, napisałem po prostu mały skrypt, aby przejść przez wszystkie obiekty w mojej tablicy użytkowników i przekonwertować wszystkie _id z powrotem na objectId za pomocą następującego polecenia:
var mongoose = require('mongoose');
user._id = mongoose.Types.ObjectId(users[i]._id);
Następnie wywołaj Model.create() na moim modelu mangusty ze zaktualizowanymi dokumentami do zbiorczego wstawienia i usuń oryginalne dokumenty