Jest to domyślne zachowanie MongoDB dla aktualizacji. Jeśli chcesz zaktualizować wiele dokumentów naraz, musisz wyraźnie podać multi flaga:
db.collection.update( criteria, objNew, upsert, multi )
więc będziesz musiał użyć
db.we.update({"uid":1, "status":1, "time" : {"$lte":1324403899}},
{"$set":{status:0}},
false,
true);
zamiast tego.
Z dokumentacji :
