Mongoose findOneAndUpdate Aktualizacja wielu pól

Używasz $set operatora wielokrotnie. Poprawna składnia dla $set jest :

{ $set: { <field1>: <value1>, ... } }

Musisz zmienić swoją aktualizację argument taki:

Book.findOneAndUpdate({ "_id": bookId }, { "$set": { "name": name, "genre": genre, "author": author, "similar": similar}}).exec(function(err, book){
   if(err) {
       console.log(err);
       res.status(500).send(err);
   } else {
            res.status(200).send(book);
   }
});