Właśnie znalazłem rozwiązanie, które dla mnie działa idealnie.
mongoose.connection.db.collection('player').updateOne(
{_id: mongoose.Types.ObjectId('56cb91sf34746f14678934ba')},
{$set: {name: 'Test'}}
);
To zapytanie nie zaktualizuje updatedAt
pole. Mam nadzieję, że nadal tego potrzebujesz!