Na szczęście mongodump 3.0 akceptuje opcje pomijania niektórych kolekcji.
To rozwiązało mój problem z brakiem dostępu administratora do bazy danych w celu dostosowania uprawnień. Pamiętaj, że nie będziesz już tworzyć pełnych kopii zapasowych.
mongodump --excludeCollection=system.indexes
lub
mongodump --excludeCollectionsWithPrefix=system