Jak dokładnie dopasować cały dokument?

nie sądzę, że jest to możliwe, ale możliwym rozwiązaniem jest zaszyfrowanie dokumentu.

podczas zapisywania zawsze twórz skrót dokumentu:

var doc = {};
delete doc.hash; // never include the hash itself in the calculation
doc.hash = crypto.createHash('sha256').update(JSON.stringify(doc)).digest();
db.collection.insert(doc);

Następnie podczas wykonywania zapytań możesz pytać przez hash:

db.collection.find({
  hash: hash
})

może być denerwujące, jeśli często wykonujesz atomowe aktualizacje dokumentu.