W twoim przykładzie faktycznie używasz usługi DocumentDB z kompatybilnością MongoDB. Nie używasz natywnej MongoDB (ani ta natywna MongoDB nie jest usługą).
DocumentDB (nawet z MongoDB compat) nie zapewnia oploga. A ponieważ Meteor jest uzależniony od czytania oploga, nie będziesz w stanie wskazać Meteora na DocumentDB.
W Twoim przypadku musisz samodzielnie uruchomić natywną MongoDB (np. na maszynach wirtualnych) lub skorzystać z rozwiązania hostingowego MongoDB innej firmy, które zapewnia obsługę MongoDB w tym samym regionie, co Twoja aplikacja. (ok, tak, możesz uruchomić swoją aplikację w innym regionie, ale zobaczysz opóźnienie wraz z opłatami za transfer danych).