Główna różnica polega na tym, że magazyny dokumentów (np. MongoDB i CouchDB) pozwalają na dowolnie złożone dokumenty, tj. poddokumenty w poddokumentach, listy z dokumentami itp., natomiast magazyny kolumnowe (np. Cassandra i HBase) pozwalają tylko na stały format, np. ścisłe słowniki jedno- lub dwupoziomowe.
