Użyj mongorestore .
Nadpisuje kolekcję tylko wtedy, gdy określisz --drop parametr. Więc jeśli nic nie zrobisz, po prostu doda nowy element (w ten sposób zrobi to, co chcesz).
Jedyny problem może się pojawić, jeśli masz ten sam _id elementy, w takim przypadku po prostu je zignoruje.
