Zapytania w MongoDB nie zwracają poddokumentów (lub, jak w Twoim przypadku, poddokumentów poddokumentów). Dopasowują i zwracają dokumenty w kolekcji. Kształt dokumentów można nieco zmienić za pomocą projekcji, ale jest to ograniczone. Jeśli chcesz często znajdować najnowszy znacznik, prawdopodobnie chcesz, aby Twoje dokumenty reprezentowały znaczniki. Posiadanie tablicy w tablicy jest generalnie złym pomysłem również w MongoDB.
Jeśli jest to rzadka operacja i nie musi być szczególnie szybka, możesz użyć agregacji:
db.modules.aggregate([
{ "$unwind" : "$svn_branches" },
{ "$unwind" : "$svn_branches.tags" },
{ "$sort" : { "svn_branches.tags.updated_at" : -1 } },
{ "$group" : { "_id" : "$_id", "latest_tag" : { "$first" : "$svn_branches.tags" } } }
])