Używanie $$ROOT w kolejności agregacji

Więc na komentarz potrzebujesz MongoDB w wersji 2.6 zrób to. Ale oczywiście używając 2.6 to działa dla mnie:

db.collection.aggregate([
    { "$limit": 1000 }, 
    { "$group": { 
        "_id": null, 
        "count": { "$sum": 1}, 
        "data": { "$push": "$$ROOT"  }
    }}
])